Los sitios favoritos de buceo se encuentran en la Bahía de Almirante y su entorno. Saludables arrecifes coralinos con formaciones muy similares podemos encontrar en CRISTOBAL LIGHT (3), en la costa de Isla Cristóbal, PUNTA MANGLAR (2) y BIG BAIGHT (1), en la costa sur de Isla Colón, y EL JARDIN (6), en la costa sur del Cayo Solarte. Estos arrefices van descendiendo en forma muy suave, comenzando en unos 3 metros de profundidad finalizando a unos 20 metros de profundidad.
En PUNTA HOSPITAL (8), Cayo Solarte, el arrefice comienza en aguas someras y luego vaga rápidamente destacándose, en la costa del promontorio, una pequeña pared vertical que es uno de los atractivos del lugar para los buzos. En CRISTOBAL LIGHT (3), es posible encontrar a unos 5 metros de profundidad una plataforma con una variedad de fauna marina muy atractiva que tanto en el fondo como en los viejos pilares que están tumbados allí. Además en los pilares que aún se encuentran de pie, es posible encontrar muchas esponjas que le dan un colorido especial al paisaje submarino.
En los arrecifes someros de SAN CRISTOBAL (4), OLD BUOY (10), RICARDO (11) y BALLENA (20) es posible bucear extensos arrecifes, planos, en no más de 6 metros de agua.
Fuera de la Bahía de Almirante, el buceo depende de las condiciones del clima. Lugares como OLD POINT, BETWEEN y CUEVAS (Cayos Zapatillas) son muy dificiles de bucear cuando el viento está soplando fuerte. Areas más protegidas de oleaje y de corrientes son los vecinos a CAYO CORAL y el sitio somero (hasta 20 pies de profundidad) ISLAS CORALINAS, cercano a Cayo
Zapatillas Mayor, donde se forman cinco islas submarinas que llegan hasta la superficie.
Los arrecifes de Bocas del Toro son especialmente únicos debido a sus poblaciones de invertebrados. Son lugares donde encontrar los más pequeños habitantes asociados con los corales: camarones limpiadores, cangrejos araña, gusanos de varias especies, las delicadas estrellas de mar araña (hay miles), y otros que, aunque no son tan pequeñs también son poco comunes como almejas lima y estrellas de mar canasta. La gran variedad de esponjas, mostrando sus colores, son objeto constante de estudios por parte de científicos de todas partes del mundo.
Los fotógrafos y videógrafos submarinos encontrarán, en lugares someros, hermosos motivos especialmente para macro y close ups. En un día soleado, la luz natural es suficiente para obtener buenas imágenes en menos de 6 metros de agua.
Las especies de coral más comunes son el lechuga, de fuego, cerebro, estrella, deditos, cuero, cuerno de alce, cuerno de ciervo, gorgonias, negro y abanicos.
Los peces no son tan abundantes debido a la pesca artesanal intensiva. Las especies más comunes en los arrecifes son: angel gris, pargo cola amarilla, pargo blanco, pargo rojo, pequeños meros, espada, gruñón, loro, aguja, damisela, morenas verde y moteada y tiburones nodriza. No tan comunes son el caballito de mar y el pez sapo.
